核酸序列分析：生物信息學應用中的一個重要方面。基于已有知識所形成的核酸序列數(shù)據(jù)庫以及在此基礎上所形成的二級數(shù)據(jù)庫，對未知核酸序列的分析及功能預測具有重要的參考價值。蛋白質(zhì)序列分析：蛋白質(zhì)序列的基本性質(zhì)分析是蛋白質(zhì)序列分析的基本方面，一般包括蛋白質(zhì)的氨基酸組成、分子質(zhì)量、等電點、親水性和疏水性、信號肽、跨膜區(qū)及結(jié)構(gòu)功能域的分析等，蛋白質(zhì)的很多功能可直接由分析其序列而獲得。基因識別：非編碼區(qū)分析研究，基因識別的基本問題是給定基因組序列后，正確識別基因的范圍和在基因組序列中的精確位置。非編碼區(qū)由內(nèi)含子組成，一般在形成蛋白質(zhì)后被丟棄，從實驗中，如果去除非編碼區(qū)，不能完成基因的復制。分子進化和比較基因組學：分子進化是利用不同物種中同一基因序列的異同來研究生物的進化，構(gòu)建進化樹。序列重疊群裝配：根據(jù)現(xiàn)行的測序技術(shù),每次反應只能測出500個或更多一些堿基對的序列。