隋朝統(tǒng)一中國(guó)后，隋文帝制三省六部，原本的三公也被取締。三公九卿制基本宣告廢除。

秦始皇設(shè)立三公九卿制度，為封建專(zhuān)制主義中央集權(quán)國(guó)家制度的建立創(chuàng)造了雛形，對(duì)以后的歷代封建王朝的建立，有著重要的影響。三公九卿制度的基本結(jié)構(gòu)從秦朝一直沿用到兩晉，直至隋文帝創(chuàng)三省六部制。從三省六部制的結(jié)構(gòu)上來(lái)看，也無(wú)處不有著三公九卿制結(jié)構(gòu)的影子。此后，一直到明代，明太祖朱元璋廢掉中書(shū)省、尚書(shū)省及門(mén)下省，六部直接對(duì)皇帝負(fù)責(zé)，中國(guó)古代歷史中的中央官制三級(jí)制度才算壽終正寢。三公九卿這一制度沿用約達(dá)800年，并從結(jié)構(gòu)上影響三省六部制，并左右中國(guó)古代中央官制約達(dá)700年。可以說(shuō)，三公九卿制，上承夏商周，下接隋唐宋元，在中國(guó)歷史上留下了濃重的一筆。

三公九卿制度雖在結(jié)構(gòu)上沿用了近700年，但在其間，官職的名稱(chēng)及權(quán)利和三公九卿制的部分結(jié)構(gòu)卻一直在變動(dòng)之中。并且，制度之外其他中央機(jī)構(gòu)的出現(xiàn)也沖擊了三公九卿制。