鯨魚擱淺的原因主要有以下六種說法：地形論、失常論、向導論、返祖論、病因論、攝食論。

1、地形論：荷蘭學者范、希·杜多克認為，鯨擱淺可能與海岸地形氣象條件有關，因為它們多發生在坡度平緩的海岸。當鯨向這里發射超聲波信號時，其回聲信號會失真，使它根本探測不出深水的位置，從而導致迷途。可是近年來研究證明，坡度平緩的海岸并不引起回聲信號的混亂。擱淺的鯨群多發生在坡度平緩的海岸處是事實，這是因為在其他地形如海峽或懸崖峭壁等處不可能擱淺。因此地形的影響缺乏說服力。

2、失常論：有人認為鯨群可能受到意外的刺激而倉惶出逃，或為了躲避捕食者的追擊或人的騷擾而有意登陸擱淺的。

3、向導論：有些人認為有些鯨喜歡群聚，群中常有某個成員充當領導，整個群往往隨其一起游泳，一起覓食，也一起逃跑。當“頭頭”因病或遇害而上岸擱淺時，整群鯨也就隨之同歸于盡。

4、返祖論：一般都承認鯨是由陸生祖先演變而來的，而在其由陸生到完全水生的漫長歷史演變過程中，它們的祖先一定出現過許多中間類型，即水陸兩棲生活。當它們在水里遇到不利情況時，就逃上陸地，尋找安全之處躲避風險，久而久之便形成鯨的一種習性。故有人提出一種假說，認為鯨擱淺是遵循其祖先所確立的道路所致。

5、病因論：現在越來越多的注意力都集中在病因上。鯨之所以離水上岸，主要是由于病魔纏身，身體虛弱不堪，無力駕馭風浪，隨波逐流被海水推上海岸，或是有意爬上海岸尋求喘息之機。因為在這里它不必每喘一口氣都要掙扎著浮出水面。

6、攝食論：有人認為鯨的近岸攝食習性對其擱淺有一定的影響。當魚和烏賊徊游近岸或產卵生殖時，鯨群也跟蹤而來。由于嘴饞貪吃，戀食忘返，造成退潮后擱淺。