黑臭水的顏色測定包括了水體的透明度和色度兩個方面的指標，其本身的特點也與其他狀態有很大不同。黑臭水，目前的主流定義是以溶解氧、臭閾值、透明度和色度四個指標進行水體質量考量，其中有一項不達標就可稱為黑臭水體。

一般選擇與水體黑臭生化過程有關的一些參數，進行了現場和模擬試驗測定研究，結果證明DO、BOD_5、硫酸還原菌數等，與水體黑臭具有較好的相關性。黑臭狀態是水體，其理化環境表現為強還原性質，有機無機污染極其嚴重，水有一種異味產生，水生生物不能再生存，水生植被退化甚至滅絕，浮游植物、浮游動物、底棲動物只有少量耐污種存在。這樣就影響食物鏈，生物開始退化甚至消失，整個環境遭受破壞。