木瓜：大體上分為藥用木瓜皺皮木瓜和食用木瓜。藥用木瓜主要是皺皮木瓜，皺皮木瓜屬于薔薇科木瓜屬，植株為小喬木或者灌木，樹高在3到10米不等，所結的果實主要是藥用，表皮粗糙。食用木瓜主要是青木瓜或番木瓜，青木瓜屬于番木瓜屬，植株為常綠小喬木，表皮光滑，果實略苦澀，糖分低，果漿味濃，主要是當作水果食用，也可作為蔬菜食用。

哈密瓜：屬于甜瓜屬、葫蘆科，果實呈橢圓形或圓形，肉質脆硬且糖分高，氣味香濃、口感脆甜。哈密瓜種類比較多，按表皮分為網紋皮哈密瓜和光皮哈密瓜；按成熟期分為早熟瓜、夏瓜和冬瓜，果肉有橙色、白色和綠色等多個品種，營養價值都比較高。

它們的主要區別：

1、木瓜大多指的是青木瓜，是一種具有美白護膚、促消化等功效的水果，但木瓜性寒，不宜多吃。

2、哈密瓜富含多種營養物質，具有非常好的美容保健功效，但哈密瓜含糖量太高，因此高血糖、糖尿病患者不宜食用。

3、木瓜籽是圓的黑的，而哈密瓜籽是扁扁的；木瓜果肉呈暗黃色，哈蜜瓜果肉呈白色；木瓜的外皮比哈密瓜更柔軟。