1、營養成分區別：水溶肥是這完全溶于水的復合肥，形態有固體、液體，養分含量為大量元素、中量元素和微量元素，市場上常見的是氨基酸和腐植酸等水溶肥。水溶肥不僅種類多樣，而且配比也是多樣，比如氮磷鉀配比均衡的平衡型肥料、高氮肥、高鉀肥和高磷肥等。而傳統的復合肥它的元素含量就比較單一，包含兩種或兩種以上的營養成分，主要成分未氮磷鉀，配方和營養都比較單一。

2、方法用量區別：水溶肥使用范圍比較廣，幾乎在我國各個地區都能使用，施肥的方法也主要分為葉面噴施、膜下滴灌、根部沖施，可以針對不同的地區的環境土地選擇最佳的施肥方法。而復合肥就不一樣，它的施用方法比較單一，大多是土壤施肥，也可以溶于水中進行葉面噴施。水溶肥的用量一般比較少，如果是沖施施用的話，一般每畝5公斤左右即可，而復合肥每畝最少要40公斤左右。

3、作用區別：水溶肥主要是作為追肥施用，和傳統的追肥不同，它是速效型肥料，作物對它的吸收比較快，在施用后持續的習慣也比較短，僅僅適合作為在需肥高峰期施用。而復合肥大多是作為底肥施用，它的肥效比較長，能為作物持續提供肥力。水溶肥的吸收利用率極高，根據實驗證明，只要施用方法得到，一般吸收利用率在90%以上，而復合肥的吸收利用率最多在60%左右。