芽孢和孢子的區別主要體現在有無繁殖能力，孢子是繁殖細胞，是用來繁殖新個體的，芽孢是細菌在惡劣環境下形成的休眠體，一個細菌產生一個芽孢，條件適宜時，重新成為一個細菌，數量沒有增加，因此芽孢不是細菌的繁殖體，不能繁殖。

芽孢是一種細菌結構，抗逆性很強，在不良情況下有芽孢的細菌絕大部分可以存活，但新陳代謝極慢，這時候不能進行分裂生殖，但沒有該結構的卻沒那么幸運，當情況改良時，芽孢又可以消失，細菌有可以進行較旺盛的新陳代謝進而分裂生殖，因為芽孢的抗逆性強，因而滅菌經常要重復多次，以保證在不良情況下出現芽孢的細菌在正常情況下消失，再次滅菌從而將其殺死。

孢子是脫離親本后能直接或間接發育成新個體的生殖細胞。它是有絲分裂或減數分裂的產物，多數為單倍體，少數為二倍體。孢子一般為單細胞，也可能是多細胞的繁殖體。由于它的性狀不同，發生過程和結構各有差異差異，形成了孢子的多樣性。