第四次忍界大戰(zhàn)中,之后的修煉中,兜完全掌控了與大蛇丸相同的力量,身軀似乎已經(jīng)和蛇的形態(tài)產(chǎn)生融合,以至于外貌像大蛇丸。他在瀧隱村殺人取尸體后和帶土對峙時(shí),自稱已經(jīng)超越二代火影和大蛇丸,將宇智波鼬、蝎、迪達(dá)拉、角都和長門穢土轉(zhuǎn)生,并且以提供帶土目前缺乏的戰(zhàn)力來換取佐助交涉條件,對帶土提議攜手合作。帶土本來因他以佐助為目標(biāo)而想拒絕他。但兜在黑絕的幫助下找到了宇智波斑的尸體并穢土轉(zhuǎn)生,最后帶土被迫同意。交換條件是戰(zhàn)爭結(jié)果出爐前不能與佐助碰面,以及必須接受帶土的監(jiān)視。由于兜對轉(zhuǎn)生者的束縛力不夠,于是綁架前來偵查的御手洗紅豆,并吸收她身上咒印的大蛇丸查克拉以強(qiáng)化控制力。
其后,藥師兜與宇智波佐助及用別天神擺脫穢土轉(zhuǎn)生的宇智波鼬交戰(zhàn),兜在交戰(zhàn)后被伊邪那美擊敗后,被宇智波鼬用幻術(shù)控制解除穢土轉(zhuǎn)生,除了宇智波斑之外,所有被穢土轉(zhuǎn)生的靈魂都已解除穢土轉(zhuǎn)生,但是宇智波斑知道如何脫離穢土轉(zhuǎn)生的控制,在穢土轉(zhuǎn)生即將解除之際,終止了與轉(zhuǎn)生者之間的通靈契約,才得以繼續(xù)留在戰(zhàn)場,隨后以解邪法印重生的大蛇丸解除了兜的仙人模式,取回自己的查克拉后與鷹小隊(duì)同行。
兜最終重拾自我,終于脫離了鼬的伊邪那美,以仙人模式狀態(tài)出現(xiàn)在戰(zhàn)場,在二代火影的幫助下,用醫(yī)療忍術(shù)搶救佐助,讓佐助能夠再戰(zhàn)宇智波斑。
由于兜已醒悟,并且曾在第四次忍界大戰(zhàn)中搶救佐助,間接帶來忍界大戰(zhàn)的勝利,所以不用再被列入叛忍名單中。兜與兒時(shí)的伙伴烏魯西一同在木葉開設(shè)了孤兒院,并擔(dān)任院長,重興當(dāng)年養(yǎng)母的舊業(yè)。鳴人等人返回木葉后,將帶回的一眾克隆人“宇智波信”托付給了兜。