微生物包括：細菌、病毒、真菌以及一些小型的原生生物、顯微藻類等在內的一大類生物群體，它個體微小，與人類關系密切。涵蓋了有益跟有害的眾多種類，廣泛涉及食品、醫藥、工農業、環保等諸多領域。

在中國大陸地區的教科書中，將微生物劃分為以下8大類：

細菌：一類細胞細短，結構簡單，胞壁堅韌，多以二分裂方式繁殖和水生性強的原核生物。放線菌：一類主要成菌絲狀生長和以孢子繁殖的陸生性較強的原核生物。病毒：一類由核酸和蛋白質等少數幾種成分組成的非細胞生物，但是它的生存必須依賴于活細胞。真菌：是一種真核生物。立克次氏體：洛基山斑疹傷寒的獨特病原體。支原體：是一類沒有細胞壁、高度多形性、能通過濾菌器、可用人工培養基培養增殖的最小原核細胞型微生物。衣原體：是一組極小的，非運動性的，專在細胞內生長的微生物。螺旋體：是一類細長、柔軟、彎曲呈螺旋狀、運動活潑的原核細胞型微生物。