清華大學生物醫(yī)學工程專業(yè)源于1979年創(chuàng)建的清華大學電機工程系。隨著清華大學醫(yī)學院的成立，生物醫(yī)學工程專業(yè)于2001年被調(diào)整到醫(yī)學院，并成立了清華大學醫(yī)學院生物醫(yī)學工程系。我校的生物醫(yī)學工程專業(yè)是具有學士、碩士及博士授予權(quán)的一級學科，并建立有獨立的博士后流動站，2002年被評為國家重點學科。

目前，生物醫(yī)學工程系的教學、科研基地主要集中在清華大學西主樓。最近學校已批準盡快建設(shè)約4萬平米的醫(yī)學院大樓，待新樓竣工后，生物醫(yī)學工程系將移入該樓。本學科現(xiàn)設(shè)有如下５個教學實驗室：生物醫(yī)學信號檢測與處理實驗室。醫(yī)學成像與醫(yī)學圖像處理實驗室。醫(yī)療儀器實驗室。電生理實驗室。清華大學，美國德州儀器聯(lián)合dsp實驗室。