法學部。為東大歷史最老，也是聲望很高的學部，日本歷史上很多政界要人均出自該學部。設有民主、公法、政治學 3 系，附屬部門有外國法文獻中心，近代日本法政史資料中心。文學部。設文學、史學、語言學、行動學 4 系，附設文化交流，北海文化研究兩實習實驗部門。該學部亦出過眾多名揚日本的文學家、詩人、俳名作家、藝人等明星。教育學部。設教育學、教育心理學、學校教育、教育行政、體育和健康教育 5 系，附屬學校有中學、高中各一所。醫學部。有醫學、健康護理學兩系，附設腦研究實驗室、醫學電子實驗室、聲音語言醫學實驗室、實驗動物飼養室，兩所附屬醫院，附屬學校有養護學校、接生護士學校。該學部以外科，特別是腦外科在世界上十分有名。理學部。設數學、信息科學、物理、天文、地球物理、化學、生物化學、生物科學、地學 9 系，附屬部門有臨海實驗場、植物園、基本粒子物理國際中心、天文學教學研究中心等。