1、貸款對象不同：住房公積金貸款的對象為繳存住房公積金的職工；商業貸款屬于個人住房貸款，面向所有人群。

2、貸款利率不同：住房公積金貸款5年以上房貸利率大約是3.25%，具體以實際為準；商業貸款5年以上基準利率大約是4.9%，具體以貸款銀行的房貸利率為標準。

3、貸款比例不同：首套房純住房公積金貸款的比例幾乎都是8成，即首付20%；很多“限購”城市首套房商業貸款的比例是7成，即首付30%，至少也是首付25%，“不限購”城市的首套房商業貸款的比例是8成。二套房的貸款政策，商業貸款的限制比住房公積金貸款多很多。

4、貸款流程和審批時間不同：住房公積金貸款一般是在辦理過戶之后審核貸款，審批時間大約是40個工作日，并且需要通過住房公積金管理中心審批，決定權在住房公積金管理中心，銀行只是執行機構；商業貸款一般是在購房者辦理過戶之前審核貸款，審批時間大約是20個工作日，主要審核機構是銀行，即決定權在銀行。