特別行政區的“特別”是指有別于其他行政區域。

特別在：

1、實行不同于祖國內地的政治和經濟制度。我國憲法和特別行政區基本法規定實行“一國兩制”，即在統中華人民共和國境內，大陸主體部分堅持實行社會主義制度，堅持四項基本原則；在這一前提下，為解決香港、澳門、臺灣歷史遺留下來的問題，根據憲法的規定建立特別行政區，在一個相當的時期內，保持原有的資本主義社會經濟制度和生活方式，不實行社會主義的制度和政策；

2、行使的權力不同于普通地方機關和民族自治地方的自治機關。特別行政區是統一的中華人民共和國的一個地方行政區域，但與其他一般行政區域不同，它實行高度自治，依照法律的規定享有立法權、行政管理權、獨立的司法權和終審權。特別行政區通用自己的貨幣，財政獨立、收入全部用于自身需要，不上繳中央人民政府，中央人民政府不在特別行政區征稅；

3、事務由當地人進行管理。