學院擁有水產科學技術與食品安全福建省高校重點實驗室、福建省水產病害防治研究中心、廈門市飼料安全與檢測重點實驗室、集美大學水域環境與漁業資源監測中心，水產試驗場和16個校外本科教學實習基地，現有儀器設備總值2000多萬元；

學院與集美大學水產生物技術研究所實行院所合一管理，設有水產養殖學、漁業資源學、營養與飼料學、水生生物學、水產生物病害防治等五個學科。其中水產養殖學為福建省重點學科，漁業資源學、營養與飼料學和水生生物學為集美大學重點學科；

學院承擔的國家863計劃項目、國家自然科學基金項目、省部級等各級各類科研項目100多項，獲得16項省、市級科技進步獎，在國內外多種學術刊物發表學術論文300多篇，其中被SCI、EI、ISTP收錄30多篇；

學院緊緊圍繞“培養學生創新精神和提高實踐能力”的宗旨，不斷推進學風建設，積極探索并不斷完善以輔導員負責制、“學生導師”制、輔導員助理制為主的一套新形勢下大學生政治思想教育工作新機制，高度重視和不斷加強大學生黨建和思想政治工作，開展豐富多彩的第二課堂活動，形成培育大學生良好人文素養、科學素質的氛圍和環境，在“挑戰杯”中國大學生創業計劃大賽、全國大學生英語競賽等活動中均取得較好成績，歷屆畢業生深受社會和用人單位好評。