土壤中有機質的來源十分廣泛植物殘體：1、包括各類植物的凋落物、死亡的植物體及根系。這是自然狀態下土壤有機質的主要來源。對森林土壤尤為重要。2、動物、微生物殘體：包括土壤動物和非土壤動物的殘體，及各種微生物的殘體。這部分來源相對較少。但對原始土壤來說，微生物是土壤有機質的最早來源。3、動物、植物、微生物的排泄物和分泌物：土壤有機質的這部分來源雖然量很少，但對土壤有機質的轉化起著非常重要的作用。4、人為施入土壤中的各種有機肥料（綠肥、堆肥、漚肥等），工農業和生活廢水過程：土壤有機質的礦質化過程分為化學的轉化過程、活動物的轉化過程和微生物的轉化過程。這一過程使土壤有機質轉化為二氧化碳、水、氨和礦質養分（磷、硫、鉀、鈣、鎂等簡單化合物或離子），同時釋放出能量。